iT邦幫忙

2024 iThome 鐵人賽

DAY 11
0

在成功爬取和解析基因的起始與結束位置之後,我需要將這些數據保存下來,並進行驗證,以確保數據完整且無誤,今天的目標是將解析出的基因位置信息儲存到一個 Excel 文件中,並檢查數據是否正確。這樣做能夠確保在後續處理和分析基因數據時擁有穩定可靠的基礎數據。

首先我使用 pandasto_excel 方法來將 DataFrame 中的數據保存到 Excel 文件中,這是一個簡單但非常重要的步驟,因為這將使我能夠持久保存數據,並在後續的任何時刻重新讀取和處理這些數據,以下是保存數據的 Code:

df.to_excel("基因位置與長度.xlsx", index=False)

在上面這段 Code中我使用 to_excel 方法將 DataFrame 中的所有數據保存到一個名為 "基因位置與長度.xlsx" 的文件中,index=False 表示不保存 DataFrame 的索引,因為只需要保存每個基因的具體訊息。

儲存數據後,還需要驗證這些數據是否正確,因此我將重新讀取 Excel 文件,並檢查前幾行數據,以確認數據的正確性:

df_loaded = pd.read_excel("基因位置與長度.xlsx")
print(df_loaded.head())

上面這段 Code 我使用 pd.read_excel 函數重新讀取剛剛保存的 Excel 文件,並使用 head() 方法查看前幾行數據,這能夠幫助我檢查數據是否在保存和讀取過程中保持完整和正確。

最後我檢查是否有缺失值或異常的基因長度:

missing_values = df.isnull().sum()
print(f"缺失值檢查結果:\n{missing_values}")
print(df['Gene Length'].describe())

通過這些驗證步驟,能夠確保數據的質量和完整性,並為接下來的基因長度計算做好準備。今天的工作完成後,已經成功保存並驗證了基因的位置訊息,這是進行 RPKM 計算之前的一個重要步驟。


上一篇
Day10:爬取網頁的基因訊息
下一篇
Day12:優化爬蟲的性能與數據抓取效率
系列文
從零基礎到實戰:利用網頁爬蟲結合 RPKM 算法計算 COVID-19 感染者肺部基因表達量25
圖片
  直播研討會
圖片
{{ item.channelVendor }} {{ item.webinarstarted }} |
{{ formatDate(item.duration) }}
直播中

尚未有邦友留言

立即登入留言